妙法寺始于1950年创办的妙法精舍，后在1960年在屯门蓝地筹建道场，并命名为妙法寺。其实万佛宝殿于1980年落成，该殿因地制宜，殿堂由下向上分布。正门供奉弥勒佛，两旁站立四大天王。二楼为法堂，最高一层为大雄宝殿，供奉释迦牟尼、药师佛和阿弥陀佛，四周墙壁镶嵌万佛瓷砖像，造型不一。 「万佛宝殿」旁边为一座楼高7层，占地650平方米的综合大楼。新综合大楼因应资讯科技时代，以新时代建筑设计，舍弃传统不合时宜的布局，并以实用为主，方便日后维修和保养，以免浪费善信的设施。综合大楼内设有玻璃佛殿、图书馆、容纳1,000观众的演讲厅、办事处及停车场等设施。