妙法寺始於1950年創辦的妙法精舍，後在1960年在屯門藍地籌建道場，並命名為妙法寺。其實萬佛寶殿於1980年落成，該殿因地制宜，殿堂由下向上分布。正門供奉彌勒佛，兩旁站立四大天王。二樓為法堂，最高一層為大雄寶殿，供奉釋迦牟尼、藥師佛和阿彌陀佛，四周牆壁鑲嵌萬佛瓷磚像，造型不一。 「萬佛寶殿」旁邊為一座樓高7層，佔地650平方米的綜合大樓。新綜合大樓因應資訊科技時代，以新時代建築設計，捨棄傳統不合時宜的佈局，並以實用為主，方便日後維修和保養，以免浪費善信的設施。綜合大樓內設有玻璃佛殿、圖書館、容納1,000觀眾的演講廳、辦事處及停車場等設施。